Филогенез порядка Protascales имеет особый интерес, так как он лежит в основе понимания филогенеза всего класса аскомицетов.
Из вышеизложенного довольно ясно выступает промежуточное положение Protascales. Повидимому, они могут быть филогенетически выведены из зигомицетов, с которыми имеется сходство в основной форме полового процесса в виде слияния двух гаметангиев с недиференцированным на отдельные гаметы содержимым.
Это наблюдается у Pericystis, имеющего по внешней форме полового процесса как бы оогамию, но по внутреннему строению многоядерных половых органов и по множественной кариогамии напоминающего мукоровых. У Dipodascus, при большом сходстве внешней формы полового процесса с зигогамией, тем не менее только одно ядро в каждом гаметангии функционирует как половое.
В дальнейшей эволюции Protascales слияние многоядерных гаметангиев заменяется слиянием двух одноядерных клеток, что отмечается уже у Dipodascus uninuclealus (см. стр. Порядок Protascales). Одновременно с этим происходит и эволюция сумки. Она образуется в результате немедленного прорастания зиготы и гомологизируется с зародышевым спорангием фикомицетов. Но тогда как у Dipodascus и Pericystis она содержит большое и в общем неопределенное число спор (как и зародышевый спорангий фикомицетов), у других первично-сумчатых число спор в сумке уменьшается и делается более или менее постоянным (8, 4, иногда меньше). Эти черты хорошо выражены в семействе Endomycetaсеае, которое можно считать дальнейшим шагом эволюции Protascales. В свою очередь от него, как более специализированная и отчасти редуцированная группа, выводятся Saccharomycetaceae. Для них характерна редукция мицелия, превращающегося в отдельные почкующиеся клетки, а также для большинства и редукция полового процесса. Все эти черты, намечающиеся уже у видов Endomyces, достигают здесь большего развития. Вместе с тем на почве утраты первоначального полового процесса у Saccharomycetaceae выработались различные формы апогамного развития, что и повело за собой ту неустановленность смены ядерных фаз, на которую было указано выше.