Вегетативное тело грибов отдела Zygomycota чаще представлено одноклеточным многоядерным мицелием. У некоторых специализированных групп, например, энтомофторовых, мицелий содержит септы с микропорами. Септы образуются и в зрелых гифах мукоровых. У многих представителей отдела наблюдается мицелиально-дрожжевой диморфизм: в одних условиях они существуют в виде мицелия, а в других – в виде покоящихся клеток. Стенки клеток мицелия содержат хитин и хитозан. Запасное вещество – гликоген.
Бесполое размножение (анаморфа) осуществляется спорангиоспорами. Они образуются в односпоровых или многоспоровых спорангиях. Реже в размножении участвуют геммы и хламидоспоры. Половой процесс – зигогамия – известен не у всех групп. В результате зигогамии образуется телеоморфа (зигоспора).