Согласно генно-молекулярной систематике среди истинных грибов имеется два отдела – Chytridiomycota, Zygomycota, в состав которых входят наиболее простые, примитивные по своей организации грибы. Это мельчайшие организмы с зачаточным мицелием (или без него) в виде плазмодия (Chytridiomycota). Представители другого отдела (Zygomycota) имеют хорошо развитый мицелий без перегородок или с перегородками. Филогенетически они близкородственны, а половой процесс у них осуществляется по зигогамному типу.
Отдел Chytridiomycota (Хитридиомицеты)
Это единственная группа в царстве истинных грибов, в цикле развития которых имеются жгутиковые стадии – зооспоры и планогаметы. Они имеют один гладкий жгутик, направленный при движении назад. Тело представлено голой цитоплазмотической массой или одноклеточным ризомицелием. У некоторых грибов образуется зачаточный мицелий без перегородок (порядок Blastocladiales). Клеточная стенка мицелия содержит хитин. Половой процесс (телеоморфа) осуществляется несколькими типами: гаметогамией, изогамией, гетерогамией, оогамией и соматогамией. Их бесполое размножение (анаморфа) осуществляется зооспорангиями с зооспорами. Только у хитридиомицетов имеются жгутиковые стадии.
В отделе собраны паразиты водорослей, цветковых паразитов, грибов. По способу питания среди них так же имеются сапротрофы, разрушающие целлюлозу и хитин. Отдел содержит один класс Chytridiomycetes.