Сюда относятся главным образом низшие формы: представители Ghytridiales, Saprolegniales, Monoblepharidales и низшие Peronosporales, как некоторые виды Pythium. Одни из них живут сапрофитно в воде, другие паразитируют главным образом на водорослях. Для всех этих простейших форм водная жизнь является первичной. Они связаны с водной средой не только своим вполне погруженным мицелием, но и размножением, которое осуществляется почти у всех при посредстве зооспор. Кроме них, имеется некоторое сравнительно небольшое количество грибов, которые аналогично некоторым цветковым растениям вторично приспособились к водным условиям. Среди них есть и сапрофиты и паразиты. Из сапрофитов в загрязненных пресных водах встречаются нередко представители Aspergillaceae, виды Fusarium и другие вообще широко распространенные формы. Они представлены в воде или только стерильным мицелием, или приобрели способность развивать здесь и свои спороношения (например Fusarium). Часто указывается также на обильное развитие в загрязненных водах мукоровых грибов, представленных обыкновенно в виде стерильного мицелия и обозначаемых поэтому без уточнения вида, как Mucor sp. Однако исследования Разумова (1935) показали,что обозначаемый таким образом организм относится совсем к другой группе грибов, — к низшим пероноспоровым. Автор устанавливает для него новый вид, Nematosporangium Nikitinskii.
Из паразитов в пресных водах встречаются, например, представители Sphaeriaceae (некоторые Sphaeria, Leptosphaeria и др.), а также ряд Fungi imperfecti (некоторые Ramularia, Phoma и др.)- Интересно отметить здесь специально Leptosphaeria fluviatilis, паразитирующую на пресноводной багряной водоросли Lemanea.
В море грибы встречаются значительно реже, чем в пресных водах, и главным образом в качестве паразитов морских водорослей. Так, на синезеленых и некоторых других развиваются некоторые хитридиевые, а на бурых и красных кроме того паразитные аскомицеты: Dothidella laminariae, Physalospora corallinarum, Leptosphaeria marina и немного других.