Весьма широко распространены у грибов и содержатся в тех или других органах у огромного большинства видов. Однако физиологическое их значение ничтожно; это, повидимому, главным образом продукты отброса. Одни из них принадлежат к смолам, другие имеют иную природу. Пигменты отлагаются подобно смолам или в полости клетки, или пропитывают ее оболочку, или, наконец, выделяются наружу. Более определенной здесь является группа липохромов, близких к каротину или, может быть, скорее к ɑ-ликопину (пигмент зрелых плодов томата). Они отлагаются в клетках всегда в связи с каплями масла и имеют желтый или оранжевый цвет. Эти пигменты нерастворимы в воде, но легко растворимы в спирте, эфире, хлороформе и т. д. Липохромы особенно характерны для большинства ржавчинных грибов. Встречаются также и среди представителей других групп: Pilobolus, Phycomyces — из мукоровых; Polystigma, Peziza scutellata, Leotia lubrica и др. — из сумчатых; Calocera viscosa — из базидиальных. В других случаях желтая или оранжевая окраска зависит от пигментов другой природы. Кроме упомянутого выше Pholiota spectabilis, здесь можно указать еще некоторые виды Hydrophorus, где желтый пигмент пропитывает оболочки и растворим в воде; у Boletus scaber желтый пигмент отлагается в полости клеток (без связи с маслами); растворим в воде. Из одного вида трутовика, близкого к Fomes igniarius, был выделен пигмент, составляющий здесь до 43% сухого веса плодового тела. Пигмент этот, ржаво-желтого цвета, оказался двуосновной кислотой, производной антрацена (состава С18Н14O4; в воде нерастворим, с трудом растворяется в хлороформе и кипящем спирту). Из пигментов красного цвета можно отметить пигменты некоторых красных сыроежек и Amanita muscaria, они отлагаются главным образом в оболочках, отчасти растворимы в воде, растворимы в спирту. Пигмент Nectria имеет характер смолы, отлагается в оболочках, растворяется в сероуглероде. Красный пигмент Patellea sanguinea обильно отлагается в полости клеток (не связан с маслом), выделяется также наружу и окрашивает субстрат (древесина), имеет характер кислоты (ксилоэритриновая кислота). К нему близок, повидимому, зеленый пигмент Chlorosplenium aeruginosum, который также окрашивает древесину, но в зеленый цвет (ксилохлориновая кислота).
Из других пигментов следует отметить темно-фиолетовые, бурые и черные пигменты (меланины), связанные особенно с клеточными оболочками.
Они являются, повидимому, продуктами окисления и широко распространены в оболочках спор, в наружных слоях покоящихся стадий (склероции и т. п.), плодовых тел и пр. Особенно обильны они у некоторых групп грибов, являясь для них даже диагностическим признаком (Sphaeriales, грибы «черни»).