Паразитные грибы, подобно сапрофитным, в огромном большинстве случаев поселяются на растительных субстратах. Однако известно несколько сот (около 800) видов грибов-паразитов на животных. Из них в первую очередь следует указать на целые большие группы с таким образом жизни. Это семейство Entomophthoraceae и порядок Laboulbeniales, паразитирующие на насекомых, первые как внутренние (эндофитные) паразиты, а вторые как-наружные (эктофитные). Кроме того, одиночные паразиты животных встречаются и среди многих других групп грибов. На низших водных беспозвоночных паразитируют преимущественно представители простейших грибов — хитридиевых и близких к ним (Polyphagus Euglenae на Euglena, некоторые виды Olpidium и др. на коловратках, Myzocytium vermicolum на черве Anguillula и др.). На насекомых, кроме указанных выше Entomophthoraceae и Laboulbeniales, следует особо отметить Cordyceps (из пиреномицетов), представители которого поражают личинки, характерным образом мумифицируя их. На низших позвоночных животных можно указать некоторых сапролегниевых в качестве поверхностных паразитов на рыбах и представителей Basidiobolaceae в качестве кишечных паразитов амфибий, рыб и рептилий. На птицах особенно распространены представители семейства Aspergillaceae (Aspergillus fumigatus, Asp. subfuscus и др., некоторые виды Penicillium) в качестве паразитов бронх и легких; в таких же условиях иногда встречаются здесь и мукоровые (Mucor mucedo, M. corymbifer и др.). На млекопитающих, в том числе и на человеке, грибы встречаются всего чаще в качестве паразитов, вызывающих различные кожные заболевания (стригущий лишай — возбудитель Trichophyton, микроспория — возбудитель Microsporon, парша — возбудитель Achorion). Кроме того, известны так называемые бластомикозы, вызываемые дрожжевидными грибами: они встречаются не только на наружных покровах, но и во внутренних органах. Близко сюда стоит так называемая молочница грудных детей и молодых животных, вызываемая грибом Endomyces albicans. В легких, бронхах, в ушном проходе и т. д. встречаются также представители Aspergillaceae и Mucoraceae, вызывая такие же заболевания, как и у птиц. У человека наблюдаются иногда общие микозы внутренних органов (печени, почек и т. д.). Возбудителями этих обычно очень тяжелых заболеваний являются главным образом виды Aspergillus.
Паразитизм грибов на животных изучен в общем далеко не достаточно, как со стороны проникания и дальнейшего прохождения гриба в животных тканях, так и со стороны воздействия его на их клетки. Более других изучены с этой стороны грибы, вызывающие кожные заболевания млекопитающих (дерматомикозы), но и здесь большее внимание уделяется внешней картине вызываемого ими заболевания. Большинство грибов, паразитирующих на высших животных, близки к обычным сапрофитным формам и встречаются нередко в природе как сапрофиты.