Как было указано выше, при наличии гетероталлизма половая реакция может получиться также между гаплонтами, принадлежащими к разным расам, видам и даже родам грибов. Если она доходит до конца, то получаются гибриды. Изучение их методами генетики, начатое сравнительно недавно, открывает тем не менее перед микологией новые и значительные перспективы. Гибридизация всего легче удается между расами одного вида. Как примеры можно указать на гибриды между нормальным Phycomyces blakesleanus и его разновидностью, или расой, piloboloides, изученные Burgeff (1914, 1915, 1928).
Из других сапрофитов много изучалась Neurospora (Dodge). Здесь удавалась гибридизация не только между расами или полученными в культуре мутантами, но и между видами (N. sitophila × N. crassa, N. sitophila × N. tetrasperma).
Гибридологический анализ полученного потомства позволил проследить наследование целого ряда признаков: окраски, образования конидий, числа спор в сумке, половых свойств. Все они наследуются независимо друг от друга и следуют в общем правилам Менделя. Только для межвидовых гибридов N. sitophila × N. tetrasperma отмечается, что полного восстановления родительских признаков в следующих поколениях кое-где не происходит.
Из паразитных грибов гибридизация изучалась у головневых и ржавчинных. Как примеры можно указать гибриды между расами Ustilago antherarum (Goldschmidt, 1928). На них было выяснено наследование ряда морфологических и биологических признаков (способность заражать те или иные растения). Оказалось, что большинство установленных биологических форм Ustilago antherarum представляют мутации, так как обнаруживают расщепления в потомстве гибрида, другие оказались модификациями, не расщепляющимися по Менделю (forma Silene saxifraga). Получены также и межвидовые скрещивания у головневых, например Tilletia tritici × T. laevis (Flor, 1932).
У ржавчинных грибов гибридизация изучалась главным образом в связи с вопросами о происхождении у них биотипов (см. ч. II, Uredinales). Скрещивания различных биотипов Puccinia graminis производились нанесением пикноспор одного биотипа на гаплоидный мицелий (на листе барбариса) другого биотипа. В результате получились эцидиоспоры, а заражение ими злака давало уредоспоры. Последние главным образом и испытывались на их заражающую способность по отношению к разным злакам. В результате было обнаружено, что гибридные уредоспоры получают нередко ясные новые свойства, отсутствовавшие у родителей. Одни из них оказывались тождественными с другими уже известными биотипами, а другие с новыми, еще не известными. Отсюда можно заключить, что и в природе имеются широкие возможности для возникновения новых биотипов ржавчины путем гибридизации. Это положение имеет не только большое теоретическое значение, но также очень важно для практики фитопатологии.