Сюда относятся довольно многочисленные представители как сумчатых, так и высших базидиальных грибов, особенно Polyроraсеае. Они характеризуются тем, что основным субстратом для их развития является древесина, причем большинство из них оказывает более или менее сильное воздействие на древесинные клеточные стенки субстрата и является причиной различных типов так называемого гниения древесины. Часть древесных грибов начинает свое развитие на живом дереве и относится, таким образом, к паразитам. Однако для большинства их возможно дальнейшее развитие и на отмершем дереве. Некоторые, как например, Fomes fomentarius, чаще встречаются в таких уже сапрофитных условиях. Наконец, другие древесные грибы являются чистыми сапрофитами, поселяясь исключительно на мертвой, иногда даже только на обработанной, древесине (так называемые домовые грибы). Из паразитных форм древесных грибов можно отметить в качестве примеров: Trametes pini на сосне, Fomes igniarius на различных лиственных породах, Fomes annosus на корнях сосны и ели, а иногда — и лиственных деревьев. Fomes officinalis на лиственнице, Polyporus sulfureus на лиственных породах и др. Из форм, которые, обладая способностью развиваться паразитически, тем не менее чаще встречаются на мертвых уже деревьях, можно назвать Fomes fomentarius и Fomes applanatus на разных лиственных деревьях, Polyporus betulinus на березе, Daedalea quercina на дубе, Armillaria mellea (опенок, из сем. Agaricaceae) на различных хвойных и лиственных породах. Из форм чисто сапрофитных, развивающихся только на мертвой древесине, можно указать: Lenzites sepiaria главным образом на хвойной древесине, Lentinus squamosum и Schizophyllum commune главным образом на лиственной древесине, Trametes serialis на хвойной древесине и др. Сюда же относятся так называемые домовые грибы, развивающиеся на деревянных частях зданий: Merulius lacrymans, Poria vaporaria, Coniophora cerebella, Paxillus acheruntius и некоторые другие.
Все названные древесные грибы из гименомицетов, главным образом из семейства Polyporaceae, принадлежат к числу наиболее энергичных разрушителей древесины. Вызываемые ими гнили различаются прежде всего по цвету (белая, бурая, красная, пестрая и т. д. гнили), а затем по своему расположению в центре или на периферии ствола. Таким образом, различают сердцевинную гниль, вызываемую большинством паразитных форм (трутовиков), и периферическую, которая вызывается, например, опенком, Polyporus betulinus, Fomes applanatus и др. По биохимическому характеру различают, далее, коррозионную и деструктивную гниль. Первая характеризуется тем, что гриб прежде всего действует на лигниновую часть одревеснелых клеточных стенок, сравнительно мало затрагивая сначала целлюлозную основу. Такая гниль характерна, например, для Trametes pini и Fomes applanatus. Деструктивная гниль характеризуется тем, что прежде всего одревесневшая стенка беднеет целлюлозою, а лигнин затрагивается меньше. Эта гниль вызывается особенно типично домовыми грибами. В ряде других случаев провести ясную границу между указанными двумя сортами гнилей невозможно, так как действие гриба одновременно более или менее одинаково сказывается как на содержании целлюлозы, так и лигнина.
Приведенные выше примеры касаются гниения крупных древесных частей — стволов крупных деревьев. Что касается других древесных остатков, остающихся в лесу, как сучья и пни, то они также разрушаются под влиянием своей флоры сапрофитных грибов, главным образом многочисленных пирено- и дискомицетов (Xylaria, Hypoxylon, Nectria, Helotium, Patellaria, Mollisiaceae), также многих дрожалковых и гименомицетов (опенок на пнях, ряд Polyporaceae, Hydnaceae, Thelephoraceae) и, наконец, многих Fungi imperfecti. Эта флора меняется по мере разрушения древесины и, в конце концов, через 5—6 лет ведет обыкновенно к тому, что даже массивные пни в лесу совершенно разрушаются. Любопытно, что кора при этом значительно дольше противостоит разрушению, чем, казалось бы, более прочная древесина. Это объясняется биохимическими свойствами указанных грибов, действующих именно на древесину. Другие, которые развиваются преимущественно на коре, уступают им в силе роста и многочисленности.
Попадая в почву, древесина также, в конце концов, разрушается и, надо думать, главным образом, под влиянием грибов. Однако этот процесс, происходящий в почве, изучен очень слабо. Весьма вероятно, что в нем принимают главное участие некоторые из обычных почвенных грибов (Ghaetomium, Fusarium, Penicillium, Trichoderma), известных как энергичные разрушители целлюлозы в почве. Наличие в почве также и других веществ, в том числе и азотистых, которыми так бедна древесина, повидимому, дает им возможность оказывать достаточно энергичное воздействие и на одревесневшие стенки. Опыты и наблюдения над такими деревянными конструкциями, которые вместе с тем достаточно богаты азотистыми веществами (главным образом белковыми в виде клея), показывают, что получаемая при этом азотистая подкормка гриба значительно усиливает его древоразрушающую способность. Это установлено для таких форм, как Chaetomium, Verticillium и др., которые без этого почти не действуют на древесину. Аналогичные соотношения могут иметь место и в почве. Мицелий грибов содержит в среднем около 4—5% азота, а питается он в почве растительными остатками, где содержание азота около 0,3—2% (а в древесине около 0,16% азота). Естественно, что при этих условиях гриб, хорошо обеспеченный углеродом, которого он из целлюлозы может усваивать до 30—40%, испытывает недостаток в азотистом питании. Поэтому подкормка его, в виде каких-нибудь попадающих в почву азотистых соединений, может значительно стимулировать его развитие и ферментативную деятельность, в том числе и разложение целлюлозы и древесины.
Нужно еще отметить, что древесина, погруженная в воду или в почву, насыщенную водой, разрушается очень медленно. Это зависит от большой аэробности всех древоразрушающих грибов, которые поэтому развиваются на древесине только при некотором неполном насыщении ее водой, причем пределы этого насыщения различны для различных видов; наиболее низкие для Merulius lacrymans: от 20 до 60% абсолютной влажности.
От грибов, разрушающих древесину, отличаются те, которые вызывают главным образом изменение ее цвета, не влияя значительно на ее механические свойства. Из них известны особенно возбудители «синевы» в хвойной древесине. Главным образом это будет Ceratostomella (из пиреномицетов), а также некоторые другие. Названные грибы питаются преимущественно содержимым клеток, почти не затрагивая клеточных стенок. Известна также зеленая окраска преимущественно лиственной древесины, вызываемая дискомицетами Сhlоrosplenium aeruginosum. Эти грибы выделяют пигмент, окрашивающий в зеленый цвет клеточные стенки субстрата. Желтая окраска дубовой древесины вызывается гифомицетом Eidamia, розовая окраска древесины различных пород вызывается некоторыми видами Fusarium, Penicillium и др., красная окраска — Patellea sanguinea.