Результатом питания является построение из веществ, находящихся в окружающей среде, новых веществ, слагающих тело гриба. Этому процессу, называемому ассимиляцией, противопоставляется процесс разрушения веществ в результате жизнедеятельности, который может быть назван диссимиляцией. В результате его освобождается энергия, потребляемая грибом на процессы роста, ассимиляции и т. д., а также выделяемая наружу. Практически между ассимиляцией и диссимиляцией не всегда возможно провести резкую границу, так как одновременно с ассимиляцией какого-нибудь вещества часто еще в большей степени происходит и диссимиляция его.
Кислородное дыхание. Важнейшим типом диссимиляции у грибов, как и у других организмов, является нормальное кислородное дыхание, при котором органические вещества окисляются до конца (до Н2O и СO2) с выделением всего количества заключенной в них энергии. В зависимости от окружающих условий один и тот же гриб может окислять в процессе дыхания весьма разнообразные органические вещества как безазотистые, так и азотистые. Для огромного большинства наилучшим дыхательным материалом являются углеводы (отсюда необходимость в первую очередь обеспечить их достаточное содержание в среде). Энергия дыхания грибов, которую, как и в других случаях, удобно измерять по количеству выделенной СO2, оказывается нередко весьма значительной, хотя конечно она весьма меняется в зависимости от возраста гриба и от ряда внешних условий: от температуры, характера дыхательного материала, других составных частей среды и т. д. При оптимальных условиях здесь получены даже цифры, рекордные для растений (а может быть и для животных). Например Sterigmatocystis niger при культуре на хинной кислоте может выделить за 24 часа количество СO2, в 3,5 раза превышающее собственный сухой вес (Костычев, 1904) г. Человек выделяет за сутки 1,5% своего живого веса в виде СO2, или около 4%, если вести расчет на сухое вещество его тела.
Эта высокая энергия дыхания у грибов объясняется, с одной стороны, тем, что в них сравнительно мало содержится баластных материалов в виде веществ оболочки или просто мертвых клеток, которые повышают общий вес, не принимая на самом деле никакого участия в дыхании, а с другой стороны тем, что подготовительные стадии диссимиляционного процесса в виде гидролитического расщепления полисахаридов и других продуктов производятся выделяемыми ферментами не только в самих клетках, но и вне их в окружающей мицелий среде. Освобождающиеся при таком интенсивном дыхании большие количества энергии не только покрывают всю потребность в ней со стороны гриба, но и выделяются в значительных количествах в виде тепла, что можно заметить или по повышению температуры среды, или по нагреванию более массивных частей самого гриба (например плодовых тел).