Сейчас их принято разделять на архимицетов и фикомицетов, но граница этого деления проводится разными авторами различно. Согласно взглядам Гоби, развитым затем главным образом Сербиновым (1907), Myxochytridiales стоят особняком среди других грибов по целому ряду признаков (отсутствие мицелия, вегетативное состояние в виде голой амебообразной массы) и имеют совершенно самостоятельное происхождение. Эти взгляды приняты и в современном руководстве Геймана (1925), где Myxochytridiales и выделяются в качестве класса Archimycetes, имеющего свои корни среди Flagellata, тогда как другие низшие грибы (в том числе и Mycochytridiales) берут начало от зеленых водорослей. Другие авторы не решаются таким коренным образом раскалывать группу хитридиевых, которая все-таки имеет ряд общих черт (например очень характерно построенные одножгутиковые зооспоры, свойственные большинству их), и поэтому выделяют в качестве примитивных грибов (архимицетов) вместе с Myxochytridiales также и Mycochytridiales. Так это проводится, например, в другом современном руководстве Gwynne Vaughan (1927). Пожалуй, такое разделение нужно признать более целесообразным при современном уровне наших сведений, так как при этом подчеркивается только примитивная организация архимицетов и оставляется в стороне вопрос об их особом происхождении. Остальные низшие грибы, или фикомицеты, характеризуются типично развитым неклеточным мицелием. Из них оомицеты в лице своих наиболее известных представителей напоминают Siphonales из зеленых водорослей. Однако встает вопрос, является ли это сходство результатом филогенетической близости или зависит больше от сходных условий существования (конвергенция). Можно думать, что правильнее последнее и что оомицеты представляют прогрессивную ветвь, берущую начало от архимицетов. Это тем более делается сейчас вероятным, что среди Blastocladiaceae мы имеем до некоторой степени переходные формы между этими группами. Подобно архимицетам и оомицеты являются еще в основе своей водными организмами. Только большинство Реrоnоsрorаlеs перешло на наземное существование. Эту группу и рассматривают как наиболее эволюционировавшую среди оомицетов. Вторая большая группа фикомицетов, зигомицеты, всецело эволюционировала в сторону приспособления к наземному существованию. Многие авторы выводят их в качестве второй прогрессивной ветви из архимицетов. При этих представлениях отсутствие у зигомицетов подвижных органов размножения нужно рассматривать как вторичное явление, выработавшееся в соответствии с условиями существования. Однако существует и другое мнение, по которому отсутствие зооспор у зигомицетов представляет первичное явление ввиду того, что данная группа происходит от организмов, которые уже сами по себе не имели жгутиковых стадий (вроде современных Conjugatae среди водорослей). Это второе представление кажется нам менее обоснованным.