Аскомицеты в лице своих простейших представителей (Protascales, особенно Endomycetaceae) имеют ясные признаки родства с фикомицетами, что еще усиливается наличием таких промежуточных форм, как Spermatophthora, которую с равным правом можно причислить как в ту, так и в другую групу. Менее ясно, с какой именно группой фикомицетов можно теснее связать эти простейшие сумчатые грибы; многие (Брефельд) полагают, что с зигомицетами, другие (де-Бари) — с оомицетами. Повидимому, мнение Брефельда оказывается здесь более правильным. Во всяком случае строение половых органов аскомицетов, не содержащих диференцированных гамет, более сближает их с зигомицетами. С Protascales несомненно в близких родственных отношениях находятся Plectascales как их прогрессивная ветвь. Также довольно тесно примыкают к ним Perisporiales. Тесная близость этих трех отрядов отмечается иногда общим для всех них названием Plectomycetes (см., например, Gwynne Vaughan, 1927). Что касается огромной группы пиреномицетов, то она также примыкает к плектомицетам, хотя, возможно, не к одной какой-нибудь группе их, а к разным, т. е. имеет не вполне однородное происхождение. Из остальных больших групп менее ясно положение дискомицетов. Морфологически они связываются с пиреномицетами через Phacidiales и Hysteriales, однако сомнительно, имеются ли в том же направлении и родственные связи. С другой стороны, дискомицеты могут рассматриваться как конечное звено основного прогрессивного ствола аскомицетов, и в этом смысле, может быть, опираются прямо на Protascales. Однако связующих форм и здесь с ясностью не намечается, кроме, может быть, мало изученного Ascocorticium. С другой стороны, Tuberales представляют несомненную боковую ветвь дискомицетов, развившуюся в связи с условиями подземного существования. Наконец, оригинальная группа Laboulbeniales формально по строению перитеция напоминает пиреномицетов, однако, нельзя указать на прямые родственные связи между ними. С другой стороны, некоторые, принимая во внимание большую оригинальность строения, совершенно отрицают у них связь с аскомицетами и вообще с грибами и склонны рассматривать их как багряные водоросли, приспособившиеся к наземному и паразитному существованию. Однако такое представление, кажущееся наследием того времени, когда аскомицетов вообще охотно связывали с багряными водорослями, в настоящее время не может быть принято. Исследования Thaxter и Faul с достаточной ясностью показали грибную и именно аскомицетную природу Laboulbeniales. Всего вероятнее, что они представляют ветвь пиреномицетов, своеобразно уклонившуюся ввиду их особых условий существования (наружный паразитизм на насекомых и вместе с тем ксерофитизм).